5 Bước Làm Thủ Tục Hải Quan & Hướng Dẫn Hủy Tờ Khai Online Nhanh Gọn

Doanh nghiệp của bạn đang “đau đầu” vì thủ tục hải quan phức tạp, tốn thời gian và tiềm ẩn rủi ro? Bài viết này sẽ là “phao cứu sinh” với hướng dẫn chi tiết 5 bước thông quan hàng hóa nhanh gọn và quy trình hủy tờ khai hải quan online khi có sai sót. Tuyền Logistics sẽ giúp bạn nắm vững quy trình, tự tin xử lý mọi chứng từ và tránh được những sai lầm tốn kém, đảm bảo hàng hóa về kho đúng tiến độ.

Quy trình 5 bước làm thủ tục hải quan cho người mới bắt đầu (Cập nhật 2025)

Quy trình làm thủ tục hải quan điện tử bao gồm 5 bước chính: khai và truyền tờ khai qua phần mềm VNACCS, nhận kết quả phân luồng, nộp thuế, hoàn tất thủ tục để nhận lệnh thông quan, và cuối cùng là trình lệnh giao hàng để lấy hàng.

Bước 1: Khai và truyền tờ khai hải quan trên phần mềm VNACCS

Đây là bước khởi đầu và quan trọng nhất trong quy trình thủ tục nhập khẩu hay xuất khẩu. Doanh nghiệp cần sử dụng các phần mềm khai báo hải quan chuyên dụng như ECUS5-VNACCS để nhập liệu thông tin về lô hàng.

Chuẩn bị thông tin: Cần chuẩn bị đầy đủ các thông tin trên bộ chứng từ như hợp đồng, hóa đơn thương mại, phiếu đóng gói, vận đơn.
Nhập liệu chính xác: Mọi thông tin từ tên hàng, mã HS, số lượng, trọng lượng, trị giá… phải được nhập một cách chính xác tuyệt đối. Sai sót ở bước này có thể dẫn đến việc phải sửa đổi tờ khai, gây chậm trễ và phát sinh chi phí.
Sử dụng chữ ký số: Sau khi nhập liệu xong, doanh nghiệp sẽ dùng chữ ký số (Token) để ký điện tử và truyền tờ khai đến hệ thống của Tổng cục Hải quan.

Tại Tuyền Logistics, chúng tôi nhận thấy việc kiểm tra chéo thông tin giữa các chứng từ trước khi khai báo là cực kỳ quan trọng để giảm thiểu rủi ro sai sót.

Bước 2: Lấy kết quả phân luồng (Xanh, Vàng, Đỏ) và xử lý tương ứng

Sau khi truyền tờ khai, hệ thống VNACCS sẽ tự động phân luồng hàng hóa dựa trên mức độ rủi ro. Có 3 luồng chính:

Luồng	Mức độ rủi ro	Hành động cần thực hiện
Xanh	Thấp	Tờ khai được thông quan ngay lập tức. Doanh nghiệp chỉ cần in tờ khai và đi lấy hàng.
Vàng	Trung bình	Cơ quan hải quan sẽ kiểm tra chi tiết hồ sơ, chứng từ của lô hàng. Doanh nghiệp cần xuất trình bộ hồ sơ giấy để đối chiếu.
Đỏ	Cao	Lô hàng vừa bị kiểm tra hồ sơ, vừa bị kiểm tra thực tế hàng hóa. Hải quan sẽ tiến hành mở container để kiểm hóa.

Việc bị phân vào luồng Vàng hoặc Đỏ sẽ làm kéo dài thời gian thông quan. Doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ pháp luật tốt thường có tỷ lệ được phân luồng Xanh cao hơn.

Bước 3: Nộp đầy đủ các loại thuế hải quan cần thiết

Doanh nghiệp có nghĩa vụ nộp đầy đủ các loại thuế hải quan và các khoản phí liên quan để lô hàng được thông quan. Các loại thuế chính bao gồm:

Thuế nhập khẩu / Thuế xuất khẩu
Thuế giá trị gia tăng (VAT)
Thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có)
Thuế bảo vệ môi trường (nếu có)

Ngoài ra, doanh nghiệp còn phải nộp lệ phí hải quan cho việc xử lý tờ khai. Hiện nay, việc nộp thuế có thể thực hiện dễ dàng qua cổng thanh toán điện tử 24/7 hoặc tại các ngân hàng thương mại.

Bước 4: Hoàn tất thủ tục và nhận lệnh thông quan

Sau khi hồ sơ được duyệt (đối với luồng Vàng, Đỏ) và doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, hệ thống sẽ cấp phép thông quan cho lô hàng. Cán bộ hải quan sẽ ký và đóng dấu xác nhận trên tờ khai. Đây là cơ sở pháp lý để doanh nghiệp được phép lấy hàng ra khỏi khu vực giám sát của hải quan.

Bước 5: Trình lệnh giao hàng (D/O) và hoàn tất việc lấy hàng

Bước cuối cùng là mang tờ khai đã được thông quan cùng với Lệnh giao hàng (D/O – Delivery Order) đến cảng hoặc kho hàng để làm thủ tục lấy hàng. Doanh nghiệp cần thanh toán các chi phí tại cảng như phí nâng/hạ container, phí lưu kho (nếu có) để có thể đưa hàng về kho của mình.

Hướng dẫn hủy tờ khai hải quan online nhanh gọn và đúng luật

Việc hủy tờ khai hải quan là cần thiết khi có sai sót không thể sửa chữa hoặc giao dịch xuất nhập khẩu bị hủy bỏ. Thủ tục này cần được thực hiện đúng quy định để tránh các rắc rối pháp lý.

Các trường hợp được và không được phép hủy tờ khai hải quan

Theo quy định tại Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi Khoản 11 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC), các trường hợp được phép hủy tờ khai bao gồm:

Tờ khai không còn giá trị làm thủ tục: Quá 15 ngày kể từ ngày đăng ký mà hàng chưa đến cửa khẩu (nhập khẩu) hoặc chưa đưa vào khu vực giám sát (xuất khẩu).
Khai sai thông tin không được phép sửa đổi: Khai sai các chỉ tiêu thông tin quan trọng mà quy định không cho phép khai bổ sung.
Giao dịch bị hủy: Tờ khai xuất khẩu tại chỗ đã thông quan nhưng người mua và người bán hủy giao dịch.
Hàng thực tế không xuất/nhập khẩu: Tờ khai đã đăng ký nhưng thực tế hàng hóa không được nhập khẩu hoặc không xuất khẩu.
Sự cố hệ thống: Tờ khai điện tử đã đăng ký nhưng hệ thống gặp sự cố, và tờ khai giấy thay thế đã được thông quan.

Lưu ý: Tờ khai nhập khẩu đã thông quan và hàng đã qua khu vực giám sát, hoặc tờ khai xuất khẩu đã thông quan và hàng đã thực xuất thì không được phép hủy.

Checklist hồ sơ cần chuẩn bị để đề nghị hủy tờ khai

Để thực hiện thủ tục hủy tờ khai, doanh nghiệp cần chuẩn bị:

Công văn đề nghị hủy tờ khai: Theo mẫu số 04/HTK/GSQL, nêu rõ lý do, thông tin tờ khai cần hủy.
Các chứng từ liên quan: Tùy trường hợp, có thể cần cung cấp hợp đồng bị hủy, văn bản xác nhận của hai bên, hoặc các tài liệu chứng minh hàng không được xuất/nhập khẩu.

3 bước thực hiện hủy tờ khai trên Cổng thông tin điện tử Tổng cục Hải quan

Hiện nay, doanh nghiệp có thể thực hiện hủy tờ khai hải quan trực tuyến một cách nhanh chóng.

Đăng nhập hệ thống: Truy cập Cổng dịch vụ công của Tổng cục Hải quan (http://pus.customs.gov.vn) và đăng nhập bằng tài khoản của doanh nghiệp.
Gửi yêu cầu hủy: Tìm đến chức năng đề nghị hủy tờ khai, nhập số tờ khai cần hủy, lý do và đính kèm các file hồ sơ đã chuẩn bị.
Nhận kết quả: Cơ quan hải quan sẽ xem xét yêu cầu. Trong vòng 08 giờ làm việc, hệ thống sẽ phản hồi kết quả phê duyệt hoặc từ chối hủy tờ khai.

Giải mã bộ chứng từ hải quan và những lỗi sai “chết người” cần tránh

Một bộ chứng từ xuất nhập khẩu đầy đủ và chính xác là chìa khóa để quá trình thông quan diễn ra suôn sẻ. Ngược lại, những sai sót nhỏ nhất cũng có thể khiến lô hàng bị ách tắc.

Checklist 8 chứng từ hải quan bắt buộc phải có khi xuất nhập khẩu

Tờ khai hải quan: Là chứng từ quan trọng nhất, tổng hợp mọi thông tin về lô hàng. Để hiểu rõ hơn về loại giấy tờ này, bạn có thể tìm hiểu tờ khai hải quan là gì.
Hợp đồng thương mại (Sale Contract): Xác lập giao dịch mua bán giữa hai bên.
Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice): Ghi rõ giá trị lô hàng, là cơ sở để tính thuế.
Phiếu đóng gói (Packing List): Mô tả chi tiết cách thức đóng gói, số lượng, trọng lượng hàng hóa.
Vận đơn (Bill of Lading / Air Waybill): Bằng chứng của việc nhà vận chuyển đã nhận hàng.
Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O): Để được hưởng các ưu đãi thuế quan theo các hiệp định thương mại tự do (FTA).
Giấy phép xuất/nhập khẩu: Đối với các mặt hàng thuộc diện quản lý chuyên ngành.
Chứng từ khác: Tùy thuộc vào mặt hàng, có thể cần thêm chứng nhận kiểm dịch, chứng nhận chất lượng…

Ví dụ thực tế: Kể lại một lần khai sai mã HS và cách Tuyền Logistics đã xử lý

Với kinh nghiệm của mình, Tuyền Logistics từng tiếp nhận một trường hợp khách hàng nhập khẩu máy móc công nghiệp và tự khai mã HS theo mô tả chung chung, dẫn đến áp mức thuế suất cao hơn 10%. Khi hồ sơ bị phân luồng Vàng, cơ quan hải quan phát hiện sai sót và có nguy cơ truy thu thuế hàng chục triệu đồng cùng tiền phạt chậm nộp.

Đội ngũ của chúng tôi đã nhanh chóng vào cuộc, phân tích chi tiết cấu tạo, công năng của máy, đối chiếu với biểu thuế xuất nhập khẩu và các công văn hướng dẫn của Tổng cục Hải quan. Chúng tôi đã lập một bộ hồ sơ giải trình kỹ thuật, chứng minh mã HS chính xác của sản phẩm phải thuộc nhóm khác với thuế suất 0%. Kết quả, chúng tôi đã giúp khách hàng không những không bị phạt mà còn tiết kiệm được khoản thuế đáng kể, đảm bảo lô hàng được thông quan đúng tiến độ.

Những lưu ý quan trọng giúp thông quan hàng hóa không bị trì hoãn

Chữ ký số: Luôn đảm bảo chữ ký số của doanh nghiệp còn hiệu lực để thực hiện khai báo và các thủ tục điện tử khác.
Kiểm tra chuyên ngành: Đối với các mặt hàng như thực phẩm, mỹ phẩm, thiết bị y tế…, cần chủ động làm thủ tục kiểm tra chuyên ngành trước khi tờ khai được thông quan.
Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O): Kiểm tra kỹ tính hợp lệ của C/O (form, nội dung, con dấu) để chắc chắn được hưởng ưu đãi thuế.

Khi nào doanh nghiệp nên sử dụng dịch vụ hải quan trọn gói?

Việc tự làm thủ tục hải quan có thể hấp dẫn với các doanh nghiệp muốn tiết kiệm chi phí ban đầu, nhưng cũng tiềm ẩn nhiều rủi ro nếu thiếu kinh nghiệm.

Tự làm thủ tục hải quan: Lợi và hại cho doanh nghiệp vừa và nhỏ

Ưu điểm	Nhược điểm
Tiết kiệm chi phí thuê dịch vụ ban đầu.	Dễ mắc sai sót về chứng từ, mã HS, trị giá.
Chủ động kiểm soát quy trình.	Tốn nhiều thời gian, nhân lực để xử lý.
Tích lũy kinh nghiệm thực tế.	Rủi ro bị phạt, truy thu thuế, chậm tiến độ.

3 dấu hiệu cho thấy bạn cần một đối tác logistics chuyên nghiệp

Thường xuyên gặp lỗi: Doanh nghiệp liên tục phải sửa đổi tờ khai, bị phân luồng Đỏ, hoặc chậm trễ trong việc thông quan.
Chi phí logistics tăng cao: Các chi phí phát sinh như lưu kho, lưu bãi, phạt chậm nộp… vượt ngoài tầm kiểm soát.
Muốn tập trung vào kinh doanh cốt lõi: Bạn không muốn tốn thời gian và nguồn lực vào một lĩnh vực không phải chuyên môn của mình.

Hợp tác với một đơn vị cung cấp dịch vụ khai báo hải quan chuyên nghiệp như Tuyền Logistics sẽ giúp bạn giải quyết triệt để những vấn đề trên. Chúng tôi không chỉ xử lý thủ tục xuất khẩu mà còn đảm nhận toàn bộ quy trình, tối ưu chi phí và đảm bảo hàng hóa của bạn luôn được thông quan nhanh chóng.

Việc nắm rõ quy trình 5 bước làm thủ tục và cách hủy tờ khai hải quan là vô cùng quan trọng để đảm bảo hoạt động xuất nhập khẩu suôn sẻ. Tuy nhiên, để tối ưu hóa hoàn toàn thời gian, chi phí và tránh mọi rủi ro pháp lý tiềm ẩn, việc hợp tác với một đơn vị dịch vụ chuyên nghiệp là giải pháp chiến lược giúp doanh nghiệp bạn an tâm phát triển.

Bạn cần một đối tác đáng tin cậy để xử lý thủ tục hải quan? Liên hệ ngay với Tuyền Logistics để được tư vấn miễn phí và nhận báo giá dịch vụ hải quan trọn gói, Dịch Vụ Vận Tải Đường Biển, và hàng không cho lô hàng sắp tới của bạn!

Tuyền Logistics
Sđt: 08.65.79.09.02
Email: Sales5.hcm@atasia.vn

Lưu ý: Các thông tin trong bài viết này chỉ mang tính chất tham khảo. Để được tư vấn tốt nhất, vui lòng liên hệ trực tiếp với chúng tôi để được tư vấn cụ thể dựa trên nhu cầu thực tế của bạn.